Les champignons sont quelques-uns des décomposeurs les plus significatifs de la matière végétale, ce qui constitue la grande majorité des détritus dans les environnements terrestres. Escherichia coli, sont associés à des maladies d`origine alimentaire, puisque la viande et d`autres produits alimentaires sont aussi le genre de ressources qu`ils consommeraient dans la nature. Certains champignons sont des parasites sur les organismes vivants, mais la plupart sont des saprophytes. Les dommages causés aux habitations par la «pourriture sèche» sont causés par l`espèce de pourriture du bois Serpula lacrymans. Avec le résultat, certaines enzymes sont produites qui décomposent ou tuent le protoplasme des cellules hôtes. Cela peut être en décomposition des morceaux de plantes ou d`animaux. Traditionnellement, ils étaient appelés saprophytes. Parmi les principaux groupes de saprotrophes, les champignons sont les plus efficaces pour décomposer les molécules organiques complexes et recycler ces nutriments de nouveau dans l`écosystème. Les champignons en décomposition du bois, y compris les espèces de queues de dinde (Trametes), d`huîtres (Pleurotus) et de Ganoderma, peuvent avoir des conséquences économiques négatives pour l`industrie du bois, en décomposant à la fois le bois coupé et l`écorce morte des arbres vivants.

Il se produit chez les saprotrophes et les hétérotrophes, et est le plus souvent associé à des champignons (par exemple Mucor) et des bactéries du sol. Semblables aux champignons, ces organismes ont également la capacité de décomposer partiellement la cellulose en molécules intermédiaires et de faciliter le processus de décomposition. Le problème est qu`aucun embryophyte (plantes terrestres) ne sont de vrais saprotrophes, et les bactéries et les champignons ne sont plus considérés comme des plantes. Comme la matière se décompose dans un milieu dans lequel une saprotrophe réside, la saprotrophe casse cette matière dans ses composites. Zygomonas ferments glucose produisant de l`alcool, l`acide lactique et le dioxyde de carbone et joue un rôle significatif dans l`industrie du vin. Certaines espèces, en particulier celles trouvées dans l`ordre des Saprolegniales, sont saprotrophes et décomposent la matière végétale et animale. Cette capacité joue un rôle crucial dans le cycle du carbone en permettant la libération de dioxyde de carbone des organismes en décomposition, et elle transforme la matière organique végétale en substances que les champignons et d`autres organismes peuvent utiliser pour la nutrition. Les champignons qui décomposent les feuilles et les brindilles dans la litière organique, comme celle trouvée sur le plancher forestier, comprennent des espèces de Marasmius et de nombreux champignons familiers de jardin et de forêt. La majorité des nutriments pris par ces organismes doivent être en mesure de fournir du carbone, des protéines, des vitamines et, dans certains cas, des ions.

La majeure partie du tissu végétal se compose du matériel de paroi de cellule, qui est composé en grande partie d`un glucide complexe appelé cellulose. Enfin, les moules visqueux sont aussi des saprophytes, ainsi que des bactéries consommatrices. Ce sont des consommateurs de la chaîne alimentaire. La cellulose se compose de plusieurs molécules de glucose, disposées de telle manière que la plupart des organismes ne sont pas en mesure de métaboliser efficacement le composé.